此种情况是否可由合作公司代扣代缴税款

　　　　答：对合同、书据等由两方或两方以上当事人共同书立的凭证，其当事人各方都是纳税人，各就所持凭证的金额纳税。对代理经济业务，由代理人代当事人订立的应纳税凭证，当事人的代理人有代理纳税的义务。按提问时所述情况，转让股权协议的双方当事人为外企和合作公司，他们是所立凭证(股权转让协议)的纳税人。外企驻华办事处是代理人，代当事人订立应税凭证。因此，如外企不便于缴纳印花税，可由其代理人（办事处）代一方当事人（外企），缴纳印花税，而另一方（合作公司）本身就是纳税人，不应由其代替办事处缴纳印花税。当然，上述应经当地税务部门的批准。